Nel secolo XVI i primi abitanti di Mongaguá furono gli indigeni Tupi-guarani che abitavano nelle proprie tende ai margini dei fiumi Mongaguá e Iguapeú dove la pesca era piú abbondante. Il nome Mongaguá, che vuol dire “Acqua Collosa”, fui dato alla cittá dagli indigeni. Mongaguá ebbe altri nomi come: “Terra dei Santi dei Miracoli” e “Terra dei Preti”.
Mongaguá, che appartenne per molti anni a São Vicente, si emancipó il 24 dicembre 1948 per far parte del municipio di Itanhaém. Si trasformó in municipio indipendente il 31 dicembre 1959.
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