No século XVI, os primeiros habitantes de Mongaguá foram os índios Tupi-guaranis que habitavam em suas tendas às margens dos rios Mongaguá e Iguapeú, onde a pescaria era farta. O nome Mongaguá, que quer dizer "Água Pegajosa", foi dado à cidade pelos índios. Mongaguá teve outros nomes como: "Terra dos Santos dos Milagres" e "Terra dos Padres".
Mongaguá, que pertenceu por muitos anos a São Vicente, se emancipou em 24 de dezembro de 1948, quando entrou a fazer parte do município de Itanhaém. Tornou-se município independente em 31 de dezembro de 1959.
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