La città di Itanhaém è stata scoperta e fondata dal navigatore portoghese Martim Afonso de Souza, il 22 aprile 1532. Secondo gli storici avrebbe stabilito le basi del popolamento di Itanhaém tra la tribù degli itanhaens, che viveva assieme ai coloni nei dintorni di un piccolo porto nella spiaggia di Peruíbe, a 13 km a sud di Itanhaém.
Si è così lentamente sviluppata, perchè è stata sempre una cittadina povera e dimenticata, sin quando, nel 1642, conosce un periodo di grandezza in cui acquista giurisdizione su una vasta estensione di terre.
Nel 1906, Itanhaém è elevata a categoria di città. Attualmente, ha raggiunto quella di “provincia” e stazione balneare dello Stato di San Paolo.
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